你不得不知的RNA磷酸酶/外切酶/激酶知识
rna核酸外切酶
terminator 5'-phosphate-dependent exonuclease
terminator exonuclease是一种5’→ 3’进行性核酸外切酶，可降解带有5’单磷酸的rna。它不会降解具有5’三磷酸、5’-帽结构(例如大多数真核mrna带有的5’-帽结构)或5’oh的rna。它也消化带有5’单磷酸的dna。该酶不受蛋白形式的rnase抑制剂的抑制。
应用：
● 鉴定rna转录本的5’末端；
● 富集mrna样品，无需使用oligo(dt)、树脂或磁珠去除rrna；
rna磷酸化酶
rna 5’ polyphosphatase
rna 5’ polyphosphatase是epicentre科学家发现的一个mg2+依赖的磷酸水解酶。该酶能够从5’-三磷酸化的rna (如初级rna转录本) 依次地移除γ和β磷酸基：
5’ pppn—oh 3’ → 5’ pn—oh 3’ + 2 pi
带有5’-双磷酸化末端的rnas也可以通过rna 5’ polyphosphatase转化成5’-单磷酸酶化的rna：
5’ ppn—oh 3’ → 5’ pn—oh 3’ + pi
rna 5’ polyphosphatase对含有5’帽子(例如, 5’ m7gpppn—oh 3’)或5’单磷酸化末端(5’ pn—oh 3’)的rna没有活性。但是ntps和dntps都是该酶的底物，产生相应的nmps和dnmps + 无机磷:
(d)ntp → (d)nmp + 2pi
应用：
● 将5’三磷酸化的rna转换成5’单磷酸化的rna，用于使用t4 rna ligase的5’-rna连接标记反应；
● 分析rna的5’末端结构；
● 用于制备rna底物，后续可用于terminator 5’-phosphate-dependent exonuclease的降解反应。
rna聚合酶
t7 rna polymerase
t7 rna聚合酶是一种高度特异性识别t7启动子序列的dna依赖的5’→3’rna聚合酶，可以催化单链或双链dna t7启动子下游ntp的掺入，合成与t7启动子下游的模板dna互补的rna。
应用：rna体外转录，合成mrna。
rna连接酶
t4 rna ligase
t4 rna连接酶，是一种atp-依赖的可以催化单链rna、单链dna或单核苷酸分子间或分子内5’-p末端与3’-oh末端之间形成磷酸二酯键的酶。
应用：rna和rna之间的连接，连接时需要5’磷酸基团和3’羟基的存在。不仅可以进行rna分子间的连接，也可以进行rna分子(最短8个碱基)的环化连接。
rna相关激酶
t4 polynucleotide kinase
t4多聚核苷酸激酶（t4 pnk酶）可催化atp分子上γ位磷酸基团向单链、双链rna分子和dna分子的5’-羟基末端上转移以及向3’-单磷酸核苷上转移。t 多聚核苷酸激酶还具有 3’磷酸酶活性。
应用：
● 在ngs应用中，主要用于文库构建过程中末端修饰中的5’磷酸化修饰；
● dna及rna 5’末端的标记，用于dna测序、印迹杂交实验等。
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● 将5’三磷酸化的rna转换成5’单磷酸化的rna，用于使用t4 rna ligase的5’-rna连接标记反应；
● 分析rna的5’末端结构；
● 用于制备rna底物，后续可用于terminator 5’-phosphate-dependent exonuclease的降解反应。
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应用：rna体外转录，合成mrna。
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应用：rna和rna之间的连接，连接时需要5’磷酸基团和3’羟基的存在。不仅可以进行rna分子间的连接，也可以进行rna分子(最短8个碱基)的环化连接。
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应用：
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