【新品发布】MRD标准品_40+位点panel标准品

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mrd是指治疗后体内残留的肿瘤细胞或者标志物,通常的翻译有3种,微小残留病灶(minimal residual disease)、可检测残留病灶(measurable residual disease)、分子残留病灶(molecular residual disease)。
研发现状
现有的针对ctdna的mrd检测主要有2条技术路线:tumor-agnostic -assays(肿瘤未知分析)和tumor-informed assays(肿瘤知情/先验分析),其中tumor-agnostic -assays仅对血浆检测,利用的是固定的panel(一般为驱动基因和靶向药物基因,也会多组学方法)和分析方法对ctdna做检测,做分析,代表产品guardant health公司的guardant reveal;tumor-informed assays需要对原发肿瘤组织进行测序(一般为wes),来鉴定患者的特异基因组变异图谱,然后再定制个性化的panel,针对ctdna做检测,也就是说需要对组织和血浆都做检测,代表产品为natera公司的signatera。国内ivd公司对mrd的检测,截至发稿前,小编遇到的tumor-informed assays为多。
fig 1. 针对mrd的检测两种检测技术路线
mrd技术难度很大的一个方面是对超低频突变的检测能力和稳定性,以非小细胞肺癌为例,在早期nsclc患者血浆中位cfdna的浓度为7.69 ng/ml,换算在10 ml血浆(20ml全血)中含有大概20,000个单倍体基因组(3.3pg),考虑到cfdna建库时的损耗以及至少存在2条相同的变异基因序列,10 ml血浆中ctdna检测到的极限分子信号为0.02%水平,另外, 从tracerx研究数据推算, 在1 cm3体积的肿瘤情况下, 10 ml血浆中大概含有2条肿瘤来源dna分子。因此, 在nsclc中进行mrd检测时, 该检测方法必须可稳定检测出丰度≥ 0.02%的ctdna。这里有个重要的技术策略,就是sample level的策略,对于site level的0.02%甚至更低,可以通过samples level来提高灵敏度。
mrd标准品
针对ctdna检测的mrd诊断ivd的开发,少不了的是性能评价,自然也是少不了标准品的开发,科佰生物是一家专注ivd研发中诊断阳性参考品、检测限参考品、精密度参考品的研发生产型企业,针对ctdna的超低频标准品的开发,我们推出我们mrd的标准品:package-reftm mrd cocktail reference standard
table 1. package-reftm mrd cocktail reference standard的全套产品信息
这是一款多基因多位点的panel标准品,基因和位点覆盖范围广,突变类型丰富,十分适合作为ldt和ivd检测的参考品、质控品。
科佰生物在其中挑选了40+位点(病理学分级意义的位点)开发ddpcr,采取fig 2/fig 3的策略对低频、超低频的位点进行定标:
定标方案
定标
1
针对0.5%的频率采用优化后的ddpcr对每个位点做精确的定标,平均单孔拷贝数大于6000,确保真实阳性,区分lob的干扰;
2
针对0.05%的频率,使用样本中自带的高频位点(比如braf p.v600e的5%),通过使用ddpcr检验高频位点的频率变化(比如braf p.v600e稀释10倍是0.5%),来判断稀释倍数的准确度,进而间接验证对应位点的频率变化;
3
针对0.005%的频率,使用样本中自带的高频位点(比如braf p.v600e的5%),通过使用ddpcr检验高频位点的频率变化(比如braf p.v600e稀释100倍是0.05%),来判断稀释的准确度,进而间接验证对应位点的频率变化(针对0.05%的braf p.v600e采用优化的ddpcr多次检测,要求如下:位点lob控制在5拷贝以下,有效拷贝数大于12000,多次检测求平均值);
4
针对0%的频率,使用与0.5%一致的ddpcr条件,在保证大于6000拷贝的前提下,阳性低于lob的值;
fig 2. serial dilution assay for mrd reference standard
fig 3. 如何对低频、超低频的频率进行定标?科佰生物采取了1和4的方法开展定标。
30+基因 40+位点
科佰生物针对package-reftm mrd cocktail reference standard的产品,选择了30+基因40+位点(部分基因位点ddpcr数据正在验证中),全部开发ddpcr检测体系,精确定标0.5%的频率波动,选择了6个基因7个位点作为0.05%的稀释倍数验证,选择2个基因2个位点作为0.005%的稀释倍数验证。
table 2. mrd标准品-0.5%经过ddpcr精确定标的基因,黑色为0.5%的验证基因,红色是用于稀释倍数验证的基因。
package-reftm mrd cocktail reference standard包含多种突变类型,有snv/insertion/deletion/fusion,在突变类型上,有missense/nonsense/deletion - in frame/deletion - frameshift/insertion - in frame/insertion - frameshift/translocation/spice-site等等,在临床的病理分级上基本都是pathogenic/likely pathogenic,具体位点明细如下:
table 3. package-reftm mrd cocktail reference standard-0.5%的部分位点展示,黑色为目标位点,红色为用于稀释倍数验证的位点。
table 4. package-reftm mrd cocktail reference standard的稀释倍数验证数据展示。科佰生物内部还在进一步开发更多的位点,产品还会进一步升级。
mrd标准品
试用装申请
为感谢大家对科佰生物的信任与支持,特推出“新品试用”活动,名额有限,先到先得。

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