naica数字PCR量化Dravet综合征Scn1a无义突变模型中R613X的转录水平
导读
dravet综合征（dravet）是一种严重的先天性发育遗传性癫痫，由scn1a基因的新生突变引起。在约20%的患者中发现了scn1a无义突变，并且在多个患者中鉴定出scn1a r613x突变。以色列特拉维夫大学sagol神经科学学院、赛克勒医学院人类分子遗传学和生物化学系、goldschleger眼科研究所研究者在biorxiv平台发表了题为《heat-induced seizures, premature mortality, and hyperactivity in a novel scn1a nonsense model for dravet syndrome》的文章。
作者构建了含有无义scn1a突变的dravet小鼠模型，该模型中杂合scn1a r613x突变表现出自发性癫痫发作、对热诱导癫痫发作的易感性和过早死亡，概括了dravet的核心癫痫表型。在该研究中，作者使用naica®微滴芯片数字pcr系统进行了wt scn1a和r613x mrna等位基因特异性定量。
应用亮点：
▶naica®微滴芯片数字pcr系统精确量化了dravet小鼠模型中wt scn1a和r613x mrna等位基因的含量。
▶ 在杂合子动物中，naica®微滴芯片数字pcr系统精准定量到稳定r613x转录水平为野生型的8.9±0.9%，表明突变等位基因的转录物在皮质组织中经历了无意义介导的rna衰变(nonsense -mediated rna decay, nmd)。
这项研究为了定量评估皮质中r613x转录物的水平，使用naica®微滴芯片数字pcr系统对wt scn1a和r613x等位基因进行了特异性检测。
研究结果：
naica®微滴芯片数字pcr系统在wt小鼠的皮质组织中未检测到r613x等位基因，证实了该方法的特异性（图a）。与wt皮质相比，在scn1awt/r613x组织中检测到wt等位基因的水平约为一半，这与杂合子动物的预期一致(图b)。在杂合子动物中，稳定的突变体r613x转录为8.9±0.9% (图c)，比预期的50%水平低得多，这表明突变等位基因的转录物在皮质组织中经历了强烈的无义介导的衰变(nmd)。
▲图.scn1awt/r613x小鼠皮质中scn1a mrna表达降低。a. 来自wt小鼠的皮质组织显示没有可检测到的r613x等位基因转录物，证明该等位基因检测的特异性。b. 在scn1awt/r613x小鼠的皮质组织中，wt scn1a等位基因为wt皮质中的48.8%。c. r613x与wt等位基因的比值显示scn1awt/r613x动物中scn1a r613x等位基因的平均稳态水平为wt等位基因的8.9±0.9%。
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法国stilla technologies公司naica®六通道数字pcr系统，源于crystal微滴芯片式数字pcr技术，自动化微滴生成和扩增，每个样本孔可实现6荧光通道的检测，智能化识别微滴并进行质控，3小时内即可获得至少6个靶标基因的juedui拷贝数浓度。
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应用亮点：
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▶ 在杂合子动物中，naica®微滴芯片数字pcr系统精准定量到稳定r613x转录水平为野生型的8.9±0.9%，表明突变等位基因的转录物在皮质组织中经历了无意义介导的rna衰变(nonsense -mediated rna decay, nmd)。
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研究结果：
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▲图.scn1awt/r613x小鼠皮质中scn1a mrna表达降低。a. 来自wt小鼠的皮质组织显示没有可检测到的r613x等位基因转录物，证明该等位基因检测的特异性。b. 在scn1awt/r613x小鼠的皮质组织中，wt scn1a等位基因为wt皮质中的48.8%。c. r613x与wt等位基因的比值显示scn1awt/r613x动物中scn1a r613x等位基因的平均稳态水平为wt等位基因的8.9±0.9%。
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