emsa(电泳迁移率变动测定)用于研究蛋白质:dna 复合物和相互作用。蛋白质:dna 复合物在非变性凝胶上比未结合的线性 dna 迁移得更慢,从而导致“移位”。
emsa 也称为“凝胶位移”或“凝胶阻滞”测定,可用于分析蛋白质对核酸的序列特异性识别。
图 1. emsa/凝胶位移测定图。当添加摩尔过量的未标记竞争dna时,迁移率变化会大大降低。荧光标记的 irdye 700 寡核苷酸探针用于检测。 irdye 700 寡核苷酸在两条链上均进行末端标记。
近红外荧光的优点近红外荧光 emsa 为放射性 emsa 技术提供了安全、灵敏的替代方案。
您可以轻松地将传统的放射性 emsa 协议应用于无害的近红外荧光 emsa 检测。使用 irdye®末端标记的寡核苷酸并使用 odyssey®clx 红外成像仪或 odyssey 经典红外成像仪进行成像。使用近红外荧光,您可以在不到 2 小时内进行测定并获得结果,而使用其他方法则需要几个小时或过夜。
使用近红外荧光技术的 emsa 用于研究:
转录调控
dna复制
dna修复
rna加工
图 2.emsa/凝胶位移测定。irdye 700 emsa 使用共有寡核苷酸针对 3 个不同的转录因子靶点进行测试。箭头表示移动性转变的位置。
您可以检测湿凝胶中的蛋白质:dna 复合物,无需凝胶干燥或胶片曝光。如果需要,您可以在 odyssey 扫描仪表面上对盒中的凝胶进行成像,以评估凝胶是否运行了足够长的时间,如果没有,请将其放回腔室中以进一步进行电泳。
即用型标记寡核苷酸可用于各种常见的共有序列。其他 irdye 末端标记寡核苷酸和定制寡核苷酸可通过integrated dna technologies (idt)、trilink biotechnologies或metabion international ag 获得。
图 3. 使用 irdye 700 ap-1 寡核苷酸双链体的 ap-1 emsa。用血清处理的 hela 细胞的核提取物用于观察血清刺激后 ap-1 结合增加的情况。竞争反应含有 100 倍摩尔过量的未标记寡聚双链体。箭头表示荧光寡核苷酸的迁移率变化。星号表示由于过量未标记的竞争对手 dna 引起的迁移率变化的减少。使用 odyssey classic 红外成像仪对湿凝胶进行成像。
红外荧光emsa与其他方法的比较比较 emsa 检测方法,了解如何使用红外检测提高安全性并节省时间。
irdye®红外荧光染料放射性同位素生物素/链霉亲和素(例如 thermo scientific lightshift)
总时间:1.5小时 总时间:4.5 – 24 小时 总时间:4.5 – 5 小时
轻松获取和处置 监管限制、处置麻烦和成本 联系制造商了解详情
荧光寡核苷酸具有更长的稳定性 标记寡核苷酸的半衰期短 化学发光信号不稳定
无危险 危险的 联系制造商了解详情
湿凝胶成像,无需移除凝胶板 需要凝胶干燥和胶片/荧光屏曝光 需要进行膜转移
快速、方便、直接检测 耗时、检测不方便 间接检测方法。需要封闭、链霉亲和素孵育和洗涤
如果需要,可以更换凝胶并延长运行时间 凝胶运行时间无法延长 凝胶运行时间无法延长
不到 2 小时即可得出结果 通常要到第二天才能获得结果 检测步骤使协议增加了几个小时
典型 emsa 工作流程
准备反应并孵育20-30日分钟
通过非变性电泳分离
使用 odyssey imager 进行图像凝胶并分析*如果需要,请重复步骤 3 并再次成像。
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